Сам задал вопрос, сам и озвучу одну из проблем. Агент может не отрабатывать, если у вас стоит DeviceLock. Или подобная ей прога, которая закрывает доступ к флехам. После отключения DeviceLock агент нормально отработал.
На некоторых компьютерах, агент даже при запуске вручную ничего не собирает. Выскакивает на секунду в процессах и сразу же исчезает. И всё. Ничего больше не происходит, файл не появляется. Из-за чего это может быть?